O departamento tem como função assegurar o cumprimento da legislação ambiental na operação portuária dentro da área do porto organizado e realiza a gestão das licenças ambientais da área.

Esta gerência também elabora as regras voltadas à qualidade e à eficiência na utilização da infraestrutura portuária na movimentação de cargas, além de formular a política de desenvolvimento ambiental do Porto, coerente com as políticas nacionais, estaduais e locais. Outra função é desenvolver estudos e articular, com entidades nacionais e internacionais, questões de tecnologia, regras e códigos ambientais em áreas portuárias.

A gerência conta com uma equipe multidisciplinar, composta por um químico, dois tecnólogos, um biólogo, dois técnicos em meio ambiente e um assistente administrativo. Eles realizam fiscalizações ambientais e produzem relatórios destas inspeções.

Outra função é apoiar a gestão ambiental do Terminal Pesqueiro de Laguna, localizado em Santa Catarina, que também é gerido pela Docas.

No complexo santista, a Gerência de Meio Ambiente faz a gestão dos resíduos gerados pela Docas e dá a destinação correta ao material, além de acompanhar as atividades desse tipo realizadas pelos arrendatários. O departamento ainda tem pouca informação sobre a qualidade do ar, mas aguarda a contratação de um estudo para conhecer melhor esse cenário e indicar possíveis correções.

A gerência ajudou na elaboração da Agenda Ambiental do Porto, documento lançado em 2014 e que trata da gestão, do monitoramento ambiental das operações portuárias, do planejamento da expansão, dos licenciamentos ambientais e das iniciativas socioambientais, dentre outros temas.

O maior desafio para o departamento ainda é estabelecer, implantar e gerenciar um programa de gestão de resíduos portuários para atender a comunidade, focado na qualidade e na redução de custos e que permita traçar um diagnóstico para aferir a qualidade do ar no Porto de Santos.